Die Krankenhausleitung des Klinikum-Klagenfurt am Wörthersee besteht aus drei Mitgliedern: dem Ärztlichen Leiter, dem Pflegedienstleiter und dem Betriebsdirektor.
Zu ihren jeweiligen Fachbereichen führen sie das Klinikum-Klagenfurt am Wörthersee im Team als Kollegialorgan.