Die Abteilung für Nuklearmedizin und Endokrinologie ist das Kärntner Zentrum für nuklearmedizinische Diagnostik und Therapie und ein internationales Kompetenzzentrum für die Diagnose und Behandlung von Schilddrüsenkrebs sowie für PET/CT-Untersuchungen.

Neben der eigentlichen Nuklearmedizin werden an der Abteilung für Nuklearmedizin und Endokrinologie Spezialambulanzen angeboten. Die Abteilung versorgt Kärnten mit der Diagnostik und Therapie von Hormonstörungen (8 Betten) und den Süden Österreichs mit nuklearmedizinischer Therapie (10 Therapiebetten für offene Radionuklide).